O Programa de Mestrado da AIU é um fato de educação feito à medida. A AIU desenvolveu um protocolo para quantificar e qualificar a formação profissional de um indivíduo, bem como as suas credenciais académicas, e conceder créditos académicos a estudantes qualificados de acordo com o seu verdadeiro nível de conhecimento. Após análise e avaliação inicial, é definida a situação académica do aluno. Esta definição estabelece o número aproximado de Horas de Crédito Académico que a Universidade concederá ao Aluno para o Programa de Licenciatura designado pelo Aluno.

O desenvolvimento de cursos e currículos é uma atividade de colaboração entre o estudante e o orientador académico. O currículo de cada estudante é único e é desenvolvido como resultado dos esforços mútuos do estudante, do pessoal académico e do conselheiro académico. Para cumprir os requisitos do Programa de Licenciatura, tal como estabelecido pelo Comité Académico, o Estudante realiza pesquisas (utilizando a Internet ou outros Recursos Aprovados), para investigar e selecionar cursos de pelo menos 2 faculdades ou universidades Aprovadas pela AIU, que ofereçam a mesma disciplina ao nível de Mestrado, como o Programa de Licenciatura designado pelo Estudante. O Estudante seleccionará os cursos com base na sua necessidade de adquirir os conhecimentos e dominar os objectivos definidos nas descrições e objectivos dos cursos, tal como constam dos Catálogos de Cursos dessas Instituições Aprovadas. O Aluno será o árbitro inicial dos cursos seleccionados. O ponto culminante do processo de seleção de cursos é a sessão de aulas com o Orientador Académico. Durante esta aula, os cursos e currículos do aluno serão estabelecidos e aprovados.

Os programas de mestrado estão disponíveis em muitas disciplinas e demonstram a capacidade do estudante para realizar um trabalho avançado na área de estudo selecionada. A pedra angular do programa é a tese de mestrado, um trabalho original que demonstra o domínio do candidato na disciplina selecionada, produz conhecimentos e descobertas significativos baseados no pensamento e na investigação originais e contribui para o avanço do pensamento e do conhecimento a uma escala universal. Os estudos conducentes ao grau de mestre destinam-se a proporcionar ao candidato um conhecimento profundo e abrangente do seu domínio profissional, bem como formação em métodos de investigação. Os critérios para a concessão do grau são a compreensão do assunto pelo candidato e a capacidade demonstrada para efetuar investigação independente. Além disso, o candidato deve ter a capacidade de exprimir claramente o seu pensamento, tanto oralmente como por escrito.