El programa de Maestría en AIU es como un traje de educación hecho a la medida. AIU ha desarrollado un protocolo para cuantificar y calificar los antecedentes profesionales de cada individuo, así como sus credenciales académicas, y otorga créditos académicos apropiados para su verdadero nivel de conocimientos a estudiantes calificados. La situación académica de un estudiante es definida después de una evaluación y revisión iniciales. Esta definición establece el número aproximado de horas crédito académicas que la Universidad otorgará al estudiante en el programa designado. El desarrollo de los cursos y del programa es una actividad en colaboración entre el estudiante y el consejero académico. El programa de cada estudiante es único y resulta de los esfuerzos conjuntos del estudiante, el personal académico y el consejero académico.

Para cumplir con los requisitos de un determinado programa que le permita obtener un título, el estudiante realiza investigación (usando el Internet u otras fuentes autorizadas), para seleccionar cursos de por lo menos dos colegios o universidades aprobadas por AIU que ofrezcan la misma disciplina en el nivel de Maestría que el programa de grado elegido por el estudiante. El estudiante seleccionará los cursos basado en su necesidad de adquirir conocimientos y dominar los objetivos definidos en las descripciones del curso y sus objetivos, tal como se especifica en los catálogos de curso de dichas instituciones aprobadas. El estudiante será el árbitro inicial de los cursos seleccionados. La culminación del proceso de selección de curso es la sesión con el consejero académico. Durante esta sesión, los cursos y el programa serán establecidos y aprobados.

Se ofrecen programas de Maestría en varias disciplinas los cuales demuestran la capacidad del estudiante de realizar trabajo avanzado en el campo de estudio seleccionado. El corolario del programa es la Tesis de Maestría, un trabajo original que revela el dominio del candidato de la disciplina seleccionada, que produce hallazgos significativos basados en la investigación y el pensamiento originales y contribuye al avance del conocimiento en un sentido universal. Los programas de Maestría están diseñados para proveer al candidato un conocimiento completo y profundo en su campo profesional, así como entrenamiento en métodos de investigación. Los criterios para otorgar el grado deberán basarse en la comprensión que el candidato demuestre en el tema y en su habilidad para llevar a cabo investigación independiente. Además, el candidato deberá de adquirir la habilidad de expresar sus pensamientos claramente, tanto verbalmente como de manera escrita.